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功能基因组与计算生物学研究组
> 研究领域

本研究组主要以模式植物和重要资源植物为系统开展功能基因组学和计算生物学的研究。我们非常有兴趣利用我们在生物信息学方面的优势与其它研究领域的专家开展各种合作研究。

> 具体研究方向包括

1. 植物生殖发育过程中表观基因组和表观转录组层次的调控机制,及其与转录因子调控网络之间的相互作用;
2. 比较基因组学研究;
3. 与表观遗传调控有关的生物计算和分子进化生物学问题。

> 重要成果

1、Hongxing Yang (#), Fang Chang (#)(*), Chenjiang You, Jie Cui, Genfeng Zhu, Lei Wang, Yu Zheng, Ji Qi (*), Hong Ma (*), Whole-genome DNA methylation patterns and complex function in transcription regulation during flower development in Arabidopsis. Plant J, 2015, 81(2): 268-281.
2. Hongxing Yang (#), Pingli Lu (#), Yingxiang Wang (*) and Hong Ma (*),The transcriptome landscape of Arabidopsis male meiocytes from high-throughput sequencing: the complexity and evolution of the meiotic process. Plant J,2011, 65(4): 503-16. (Cited by 69times)
3. Yue Jin (#), HongxingYang (#), Zheng Wei, Hong Ma (*), Xiaochun Ge (*), Rice Male Development under Drought Stress: Phenotypic Changes and Stage-Dependent Transcriptomic Reprogramming. Mol Plant, 2013, 6(5): 1630-1645.
4. Hongxing Yang (#), Yan Zhou (#), JianleiGu (#), ShuyingXie, Yao Xu, Genfeng Zhu, Lei Wang, Jiyue Huang, Hong Ma (*)and Jihua Yao (*), Deep mRNA sequencing analysis to capture the transcriptome landscape of zebrafish embryos and larvae. PLoS ONE,2013, 8(5): e64058.
5. Jiemeng Liu (#), Haifeng Wang (#), Hongxing Yang, Zhang, Y., Wang, J., Fangqing Zhao (*), Ji Qi (*), Composition-based classification of short metagenomic sequences elucidates the landscapes of taxonomic and functional enrichment of microorganisms, Nucleic Acids Res, 2013, 41(1): e3.
6. Hongxing Yang, In plants, expression breadth and expression level distinctly and non-linearly correlate with gene structure, Biol Direct,2009, 4: 45.

> 研究组成员

组长:杨洪星, 博士,副研究员, 硕士生导师
通讯地址:上海市松江区辰花路3888号,上海辰山植物园科研中心(201602)
联系电话:021-37792288-908
电子邮件:hxyang@sibs.ac.cn

  杨洪星,1981年5月生于山东聊城。2003年7月毕业于安徽大学,获省优秀本科毕业生称号;同年9月考入复旦大学物理系,师从著名理论物理学家郝柏林院士学习生物信息学。2009年9月博士毕业加入复旦大学马红教授实验室从事博士后研究。2012年5月赴美国爱荷华大学医学院Miles Pufall实验室从事小儿白血病相关研究。2014年8月回国加入中科院上海辰山植物科学研究中心,担任功能基因组学和计算生物学研究组组长。主要从事植物生殖发育过程中的转录调控和表观调控机制的研究。

> 研究助理

李 超
博士,助理研究员
电 话:021-37792288*662

邮 箱:cslichao@csnbgsh.cn

 

刘 翔
博士, 研究助理
电 话:86-21-37792288-915
邮 箱:xiang_liu@hotmail.com

       

王令
硕士,研究助理
电 话:021-37792288*662
邮 箱:wangling@sibs.ac.cn

 

   
> 研究生

李文佳(2015级)